В 1941 году его мобилизовали в состав формирующейся Мордовской стрелковой дивизии помощником командира взвода. Мордовская дивизия была направлена под Москву.
Весной 1942 года Яншин С.Ф. назначен комендантом штаба батальона, а в конце лета того же года назначен командиром роты и принимал участие в боях под Ельней.
Под Сухиничами был ранен и до февраля 1943 года проходил лечение в госпитале, откуда был выписан инвалидом 2 группы.
Весной 1943 года принят в штат военнодорожного управления и занимался перевозкой военного снаряжения и продуктов. Окончание войны он встретил в Кенигсберге. Затем его рота из Берлина вывозила заводское оборудование.
Награжден орденом Красной Звезды, орденом Отечественной войны 2 степени, медалями «За оборону Москвы», «За взятие Кенигсберга».